La fibromialgia es una patología multifactorial en la que su origen es desconocido. Durante los últimos años se han realizado análisis de la microbiota en pacientes diagnosticados de síndrome de fibromialgia. Observando como los pacientes con fibromialgia tienen diferencia en la población de la microbiota intestinal respecto a pacientes sanos. En esta revisión realizada con 7 ensayos clínicos, aleatorizados, en humanos, observamos como algunos abordajes nutricionales, como la suplementación con vitamina D, o CoQ10 o abordajes dietéticos como el uso de cereales integrales en lugar de trigo, mejora la percepción de dolor de personas con fibromialgia. Aunque hasta la fecha dos estudios indican diferencia en la microbiota intestinal en pacientes con fibromialgia, respecto a pacientes no diagnosticados de fibromialgia, no existe evidencia que determine, como puede modificarse la microbiota a través de intervenciones nutricionales, con el fin de mejorar la sintomatología o brote del dolor. Finalmente planteamos dos hipótesis de como la nutrición y la microbiota pueden afectar a esté síndrome y cuáles pueden ser algunas de las vías de actuación en futuros ensayos.