La indagación científica es una de las estrategias que mejores resultados ha aportado a la enseñanza de las ciencias experimentales. En vista de la necesidad de impulsar este tipo de metodologías, en los últimos años, se han llevado a cabo diferentes iniciativas y propuestas para fomentar y divulgar esta estrategia, destacando entre ellas los congresos escolares de ciencias. En este artículo, se seleccionan 168 comunicaciones presentadas por alumnado de educación infantil y primaria para analizar la secuencia, proceso y metodología en experiencias científicas escolares. El análisis se focaliza en los trabajos evaluados como indagadores, que representan un 40% de los seleccionados. Para ello, se ha diseñado una herramienta de análisis de los procesos y habilidades que emergen en las comunicaciones de las investigaciones. Los resultados indican que, en general, las indagaciones presentadas muestran una estructura coherente con este tipo de metodología. En particular, se observa como el alumnado incide principalmente en aquellas etapas o aspectos más descriptivos de su indagación (por ejemplo, la planificación de su investigación) y muestra mayores dificultades para presentar las ideas o explicaciones derivadas de su indagación. A la vez, queda patente la funcionalidad de los congresos escolares como estrategia para el intercambio de experiencias relacionadas con en el aprendizaje y la enseñanza de las ciencias entre alumnado y docentes.