En este trabajo se realiza un análisis comparado de dos métodos no paramétricos de medida de productividad total de los factores con datos de panel basados en programación: índices de Malmquist y un modelo DEA intertemporal que permite acotar las medidas de eficiencia y progreso técnico, suponiendo cambio técnico no regresivo. La aplicación se realiza sobre las agriculturas de los países de la Unión Europea, encontrándose algunas diferencias importantes entre ambos enfoques. Los resultados sugieren menor crecimiento de productividad agraria y, sobre todo, una ordenación distinta de países en relación con dichos crecimientos que los encontrados en otros trabajos.